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Fundado em 1942, durante anos o Marília dividiu as atenções na cidade com a Associação Atlética São Bento, que é de 1935 e encerrou suas atividades em 1988. O time que leva o nome do santo padroeiro da cidade, porém, nunca conseguiu os resultados do clube homônimo à cidade. O MAC, como é carinhosamente conhecido, chegou à elite estadual em 1972 e teve bons momentos até meados da década de 1980. Um pouco antes, em 1967, o estádio Municipal Bento de Abreu Sampaio Vidal era inaugurado.
Nessa época conquistou o título da Copa São Paulo de Futebol Júnior de 1979 após superar Cruzeiro e Juventus nas quartas e semifinais, respectivamente, e bater o Fluminense na decisão. Deste time foi revelado o meia Jorginho Putinatti que fez história no Palmeiras e chegou a defender a Seleção Brasileira na Copa América de 1983.
Mais tarde, após oscilar entre a primeira e terceira divisões estaduais, teve grande ascensão no cenário nacional disputando a Série B do Campeonato Brasileiro em 2003, ficando na quarta posição, quando subiriam apenas dois times. Entrou para a história os confrontos de grande rivalidade com o Palmeiras, campeão do torneio naquela temporada.
Sede da Copinha ininterruptamente desde 2016, a cidade recebeu times importantes como o Cruzeiro (2016 e 2019); Ponte Preta e América Mineiro (2017); e Fluminense (2018). O time da cidade avançou até a terceira fase nos dois anos que recebeu o time celeste, sendo eliminado em ambos pelos mineiros.
Nesta temporada, o Marília está na semifinal do Campeonato Paulista Sub-23 Segunda Divisão, onde venceu o Fernandópolis no primeiro jogo, por 2 a 0, em casa, obtendo a vantagem de perder por até um gol de diferença para confirmar o acesso e o retorno à Série A3 de 2020. O jogo da volta é neste domingo, às 10h, em Fernandópolis.
A Copa São Paulo de Futebol Júnior é disputada em janeiro e a decisão acontece no dia 25, em comemoração ao aniversário da cidade de São Paulo. Com 128 equipes divididas em 32 grupos, tabelas e chaves da competição serão divulgados no mês de novembro.
